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《条例》有利于推动改善生态环境、推进区域间合作、推动生态保护主体的正向激励。郭兰峰表示，此前相关部门密集出台的一系列生态保护补偿政策措施效力不足，新出台的《条例》更具稳定性，能够让参与生态保护主体的预期稳定下来。《条例》还探索形成了“成本共担、效益共享、合作共治”的流域治理新格局，有利于提升各地区的主体功能，促进经济、社会公共服务等其他方面的合作。
在稳定中央财政投入方面，《条例》在现有的分类补偿方式基础上，明确了国家加大补偿资金投入力度，逐步扩大补偿实施范围，合理提高补偿标准。在鼓励地方政府加大投入方面，《条例》明确了有关地方人民政府可以结合本地区实际建立分类补偿机制，加大生态保护投入力度。在调动社会主体参与积极性方面，《条例》提出了社会主体参与生态保护补偿的多种方式，包括建立健全碳排放权等交易机制，推动交易市场建设；发展生态产业，建立可持续的发展惠益分享机制等。
《条例》提到要建立生态保护补偿统计体系。国家统计局能源统计司司长胡汉舟表示，统计指标体系的设立既要考虑科学性、合理性，还要考虑可比性和统计数据的可获得性。通过开展专题调研和课题研究，国家统计局联合发改委、财政部共同在国内首次印发了《生态保护统计指标体系》，共设了32个监测指标，重点反映生态保护补偿总体水平，以及各类型的补偿规模、补偿的综合成效。
中央财政在生态保护补偿方面承担着重要职能。《条例》提出，国家通过转移支付等方式，对开展生态保护的单位和个人予以纵向补偿。财政部自然资源和生态环境司负责人邸东辉表示，财政部同步推进综合补偿和分类补偿。综合补偿主要是通过设立重点生态功能区转移支付，引导地方加强生态环境保护，支持生态环境重要地区从整体上提升提供基本公共服务保障能力。分类补偿方面，主要是通过中央财政一系列转移支付资金，对森林、草原、湿地、荒漠、海洋、水流等生态要素开展保护的单位和个人进行补偿。
